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• 7월 14, 2025
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[뉴스투데이=김한경 안보전문기자] 윤석열 정부의 연구개발 예산 삭감은 과학기술계에 큰 파장을 불러일으켰다. 이는 1991년 이후 33년 만의 첫 연구개발 예산 삭감이었다. 이로 인해 기초연구가 위축되고 대학 연구환경이 나빠지면서 연구자들은 국가 경쟁력 저하를 우려하고 있다. 다행히 이재명 정부의 국정기획위원회는 지난달 24일 과학기술정보통신부에 “연구개발 예산 확대라는 새 정부 방향을 반영할 것”을 주문한 상태다.

■ 방산업체 지정 이전에 진행되는 국방연구개발사업 영세율 적용 대상 아냐

이와 관련, 지난 2월 허성무 더불어민주당 국회의원은 ‘국방과학기술혁신 촉진법’ 상 국방연구개발에 따른 연구개발용역 또는 생산 물자에 대해 부가가치세 ‘영세율’을 적용하는 법안을 대표 발의했다. 당시 허 의원이 발의한 부가가치세 영세율 신설 내용을 담은 ‘조세특례제한법 일부개정법률안’은 방위산업계의 건의를 기반으로 하고 있다.

부가가치세란 상품(재화)의 거래나 서비스(용역)의 제공과정에서 얻어지는 부가가치에 과세하는 것으로 물건값에 포함(과세표준에 10%)돼 있어 실제로는 최종소비자가 부담하는 것이며, 사업자는 최종소비자가 부담한 부가가치세를 세무서에 납부하게 된다. 여기에서 부가가치세 영세율이란 세액을 산출하기 위해 과세표준에 곱하는 비율인 세율이 영(Zero)인 것을 말하며, 영세율이 적용되면 부가가치세가 “0원”이 된다. 

현재 조세특례제한법상 영세율은 방위사업법에 따라 지정된 방산업체가 공급하는 방산물자에 한해 적용하고 있다. 업체가 연구개발을 거쳐 새로운 무기를 만들면 방위사업청장은 방산물자로 지정하고 이후 산업부가 생산하는 업체를 방산업체로 지정한다. 따라서 방산업체 지정 이전에 진행되는 국방연구개발사업은 지금까지 영세율 적용 대상이 아니었다.  

■ 적용해도 정부 세입·세출에 영향 없고 예산 책정 간 세수 부담 경감시켜 

그런데 국방연구개발사업은 정부가 국가 예산으로 유일하게 구매하는 최종소비자여서 부가가치세 영세율은 정부 총 세입·세출 예산 측면에서는 영향이 없다. 그 이유는 정부가 국방연구개발사업 예산 책정 과정에서 부가가치세를 포함한 가격을 기준으로 예산을 확보해 지출하고, 사업자는 계약 이행 중 부가가치세를 다시 정부에 납부하는 구조이기 때문이다.

즉, 국방연구개발사업은 정부가 부가가치세만큼 구매가격으로 先 지출(세출)하고 다시 기업이 세금으로 後 납부(세입)해 동일한 세금이 순환하는 구조로 부가가치세에 영세율이 적용되더라도 국가 총 세수에 증감이 없고, 오히려 정부는 국방연구개발사업의 예산 책정 또는 사업 진행 간 예산 증액이 필요한 경우 부가가치세를 더해 먼저 예산을 책정해야 하는 세수 부담을 경감시킬 수 있다.

허 의원은 법안의 제안 이유에서 방산업체는 규제 사업적 특성상 영업이익률이 낮아 국방연구개발 투자 여력이 충분하지 않고, 국방연구개발 계약 특성상 사전에 명확한 계약금액 산정이 어려워 관련 부가가치세 조정 계약을 추진할 때 어려움이 있다고 설명했다. 실제로 방산업체에서 관련 업무 담당자들은 이 같은 어려움을 현장에서 겪고 있다. 

■ 4900억원 정도 예산 필요한 곳에 투자할 수 있어 기술 개발에 직접 도움

영세율이 적용되면 정부도 실질적인 이점이 있다. 국방연구개발사업은 정부가 매년 한정된 국방예산 내에서 우선순위에 따라 과제를 선정·추진하는 구조라서 예산이 부족하면 신규 과제가 지연되거나 유보 또는 제외되는 경우가 발생한다. 그런데 올해 국방예산 기준으로 국방연구개발 사업에 약 4조 9000억원이 편성돼 있어 영세율 적용 시 4900억원 정도의 예산을 필요한 곳에 투자할 수 있는 여력이 생긴다.

이재명 정부의 연구개발 예산 확대 방향에 따라 영세율 적용으로 가용해진 예산을 국방연구개발사업에 재투자할 수 있다면 정부의 제한된 국방연구개발 예산과 경쟁입찰에 따른 최저가 낙찰제로 어려움을 겪는 방산업체들에 조금이나마 매출성장을 가져올 기회의 창이 열리는 역할을 할 수 있다. 나아가 추가 예산 투입 없이도 한국군 전력을 조기에 강화할 수 있는 기술 개발에 직접적인 도움이 된다. 

아울러 정부와 기업 간의 행정 간소화 또는 효율화에도 긍정적 요소가 있다. 실제로 방산업체의 업무 담당자들은 “정부는 예산 확보 및 과세 절차에, 업체는 세금납부와 세무조사 등 업무에 행정 인력이 필요한데, 부가가치세 영세율이 적용되면 정부는 예산 확보·과세 등의 행정 업무량 감소로 행정 비용을 절감할 수 있고, 업체는 세무감사 등에 상당 기간 투입되던 비용 절감을 기대할 수 있다”고 말한다.

■ 법안의 실질적이고 긍정적 효과에 주목할 필요 있다는 의견 설득력 얻어

다만, 일각에서는 영세율 적용이 정부 예산 책정 과정에서 부가가치세율에 해당하는 만큼 국방예산을 삭감하거나 축소할 수 있다는 우려의 목소리도 나온다. 그러나 2025년 기준 전체 국방예산에서 국방연구개발 부가가치세가 차지하는 비중은 0.8%에 불과해 영세율 적용이 미치는 영향은 미미하다. 게다가 최근 연구개발 예산을 확대하는 분위기라서 과도한 우려보다는 법안의 실질적이고 긍정적인 효과에 주목할 필요가 있다는 의견이 설득력을 얻고 있다.

업체 관계자들 또한 “국방연구개발 사업에 영세율 적용은 업체의 계약 및 납세 과정의 부담을 줄이는 것을 넘어 한정된 예산 내에서 필요한 기술 개발에 도움을 줘 첨단 기술만 살아남는 글로벌 경쟁 환경에서 경쟁력 강화에 도움이 되는 시급한 조치”라고 강조한다. 이와 같은 업계의 의견을 담은 허 의원의 ‘조세특례제한법 일부개정법률안’이 하루빨리 국회에서 통과되길 기대한다.  

[관련기사 https://www.news2day.co.kr/article/20250714500120]